在不断发展的过程中，新教本身也产生了重重矛盾。每个小诸侯国都迅速发展起自己的教派，但这些教派的神职人员往往囿于一隅，思想封闭，目光短浅，缺少大局意识。

在现实中，他们勾心斗角，互相攻讦，甚至不惜动用武力去消灭对手。

刚刚组建起来的耶稣会抓住时机站了出来，以改革罗马教廷的名义向新教各派发出呼吁，要求它们停止冲突，放下纷争。耶稣会强调，唯有如此，大家才能过上安定、和平的生活。

对比之下，新教一方在道德上明显处于下风。

最终，新教既没能像发生在16世纪英格兰的情况那样，驱走耶稣会士，开创一种新的国家生活，也没能像发生在19世纪德意志的情况那样，战胜耶稣教会士，创建一套新的科学体系。

当时，德意志地区的新教徒普遍缺乏这样的热情和抱负。马丁·路德早已撒手人寰，菲利普·墨兰顿^d在生命的最后日子里，仍然无助地与身边的敌对势力相抗争。

临终前，菲利普·墨兰顿在病榻上说：“我盼着离开人世，原因有二。首先，我可以亲眼目睹天国的教堂和耶稣的圣容，这一天我向往已久。

其次，我还可以从各派教士对我滔天的仇恨中解脱出来。”

在民族分裂、诸侯各自为政、信仰繁芜的环境下，耶稣会逐渐发展壮大起来。在抵制新教的过程中，天主教逐渐占了上风，并顺势占领了道德高地。

因此，天主教的某些做法虽然有强制之嫌，但仍然能为世人所接受。

主教和修道院院长让教区的教民在改变信仰和迁出教区之间做选择。科隆大主教试图以通婚的方式改变新教徒的信仰，但这明显与教区的发展趋势不符。

在斯特拉斯堡教区，新教徒占了大多数。他们选出的主教虽然是新教徒，但其势头不久便被压了下来。

马格德堡^e一位信奉新教的主教向帝国议会提出申请，想成为帝国议会议员，却遭到了拒绝。

德意志北方其他几位诸侯和他的遭遇一样，虽然保留着教职，但在帝国议会中却无席位。于是，这些诸侯都急着消除这种耻辱。

几年后，帝国法庭对帕绍会议之后世俗化的四个教区走向做出了最终判决，判决结果和新教诸侯们的主张恰恰相反。

在天主教教会土地世俗化方面，新旧势力的主张各异，难以调和，三十年战争因此爆发。天主教一方主张严格遵守《奥格斯堡和约》中的条文，从自身的利益出发要求教区和领地应该恢复1552年召开帕绍会议之前的情况。

新教一方则认为处理一切事情必须考虑到当下的社会变化，16世纪末的社会情形已和四十多年前大不相同，有些事情可能适用当时的法律，有些则不再适用。

新教一方声称，不管怎么说，当前的社会状况一定符合大多数民众的愿望。

如果神圣罗马帝国的议会制度真的能够反映民意，那么我们有充分的理由相信，人民还是会支持某种折中办法的。

毕竟天主教教区和新教教区的人民之间并不存在任何的敌意，彼此敌对的只是各自教区的统治者。

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